Les écoles qui composent l’UNA se repartissent suivant différentes filières et lieu d’implantation que sont:
- École d’horticulture et d’aménagement des espaces verts (EHAEV) à Idigny
- École de gestion et de production végétale et semencière (EGPVS) à Idigny
- École de machinisme agricole et de construction mécanique (EMACoM) à Kétou
- École des sciences et techniques de conservation et de transformation des produits agricoles (ESTCTPA) à Sakété
- École d’aquaculture à Adjohoun
- École de gestion et d’exploitation des systèmes d’élevage (EGESE) à Kétou
- École de foresterie et ingénierie du bois (EFIB) à Idigny
- École d’Agrobusiness et de Politiques Agricoles (EAPA) à Porto-Novo
- École de Sociologie Rurale et de Vulgarisation Agricole (ESRVA) à Porto-Novo
